Protein, sindirildiğinde, parçalanarak amino asitlerin kısa bağlarını oluşturan peptidlere dönüşür. Sindirimin sonraki safhalarında peptidler tek amino asit ve en sonunda amonyak haline dönüşür.
İneğin kullandığı proteini aldığı besinlerden veya işkembeden atılan mikroplardan alır. Her birinin miktarı işkembede parçalanan besinsel protein ile işkembede büyüyen ve atılan mikropların miktarına bağlıdır.
Besinsel ve mikrobiyal protein kaynaklarının parçalanması ve sınıflandırılması
İşkembedeki mikropların %60'ı proteindir. Bu mikroplar inek beslenmesindeki en önemli protein kaynağıdır.
İşkembedeki mikroplar, işkembede parçalanabilir protein (RDP – Rumen Degradable Protein)'ini önce amino asit daha sonra amonyak elde edecek şekilde parçalar. Amonyak mikrobiyal büyüme için gerekli olan azotun en önemli kaynağıdır. Mikroplar aynı zamanda protein olmayan azotu amonyağa dönüştürür.
Mikroplar sürekli olarak işkembeden atılırarak Omasum üzerinden Abomasum'a ulaşır. Burada ölürler ve inek tarafından sindirilirler.
Mikrobiyal proteinler sindirildiğinde üretilen amino asit daha sonra, küçük bağırsak yoluyla emilir.
Bağırsaklara akan mikrobiyal protein miktarı inek beslenmesindeki enerji ve amonyak miktarına bağlıdır.
Enerji sınırlı ise, mikropların amonyak kullanımı daha az etkindir. Bu durumda, amonyak mikrobiyal proteine dönüşmek yerine, işkembe duvarı tarafından emilerek kana karışır.
Karaciğerde, amonyak üreye dönüştürülür. Bu ürenin çoğu idrarla atılır ve bir kısmı salyadaki protein olmayan azot olarak işkembeye geri döner.
Enerji proteine göre çok fazla olduğunda, mikrobiyal protein sentez oranı azalır. İnek için toplam protein kaynağı ve buna paralel olarak ta süt verimi ve süt protein oranı azalır.
Fazla enerji süt yerine vücut kondisyonu için kullanılır.
İnek tarafından direk kullanılabilecek protein Parçalanamaz Protein (RUP - Rumen Undegradable Protein) ve mikrobiyal sindirim ile parçalanamamış olan RDP'dir. Bu protein Abomasum ve ince bağırsakta sindirilir.
RUP ve parçalanmamış RDP'ler, sadece mikroplarda bulunan proteinlerle ve amino asitlerdeki bileşenlerle sınırlı olan işkembedeki protein parçalanmasından, daha büyük bir amino asit çeşitliliği sağlar.