Sindirimin geri kalanı ince ve kalın bağırsakta gerçekleşir. İşkembeyi terk ederek alt sindirim yoluna ulaşan digesta, mikroplar ve sindirilmemiş lifler ile mikroplar tarafından üretilen protein ve şekerler içerir. İşkembede sindirilemeyerek aynı zamanda alt sindirim yoluna giren by-pass proteinler, yağ ve karbonhidratlar şirden ve ince bağırsakta sindirilebilir.
Proteinleri, şekerleri ve nişastayı sindirmek üzere pankreastan salgılanan enzimler ince bağırsağa akarken, safra kesesi yağların sindirimine yardımcı olmak için safra üretir. İnce bağırsak sindirime yardımcı olmak için bazı enzimler üretir, ama onun temel fonksiyonu sindirilmiş besinlerin emilimidir. Uçucu yağ asidi haricinde, protein, nişasta, yağ, mineraller ve vitaminler dahil olmak üzere besin maddelerinin çoğu ince bağırsakta emilir.
Su esas olarak kalın bağırsakta emilir. Sindirilmemiş yem, bazı aşırı su ve metabolik atıklar kalın bağırsaktan dışkı olarak atılır. Gübrenin kıvamı hayvan sağlığının bir göstergesidir ve rasyonun su, lif ve protein içeriğine bağlıdır.